[Structural alignment of GroES]


(1) Rigid structural alignment by DALI

The 'master-slave' alignments by DALI with 1p3hN as master.
"Although the structural variations for the base loop in E. coli GroES are almost negligible (whole protein Cα RMSDs 0.42 ± 0.13 Å), the corresponding DALI sequence alignments with M. tuberculosis GroES show remarkable variation in this region." [1]

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1p3hN

1aonO
1aonP
1aonS
1pf9O
1pf9R
1svtO

1pcqO
1pcqP
1pcqQ
1pcqR
1pcqS

akVNIKPLEDKILVQANEAETT    T   ASGL  VIPdtakekpQEGTVVAVGPGRWDEdGEKRIPLDVAEGDTVIYSKY-GGTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK

  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    Sag GIVL  TGS  aaaksTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    Sag GIVL  TGS  aaaKSTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    Sag GIVL  TGS  aaaksTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKsaggi   VLTGs AAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    Sag GIVL  TGS  aaaKSTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    SaggIVLTgsAAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKsaggi   VLTGs AAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKsaggi   VLTGs AAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKsaggi   VLTGsA AAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETK    SaggIVLTgsAAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKsaggi   VLTGs AAAK     sTRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGyGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA

                          <=     Base Loop    =>                 <=R =>                       <=T=>
*"<=Base Loop=>" ,  "<=R=>", and "<=T=>" indicate the position of the base loop, the roof loop, and the 79-83 turn respectively.



jpg image jpg image
jpg image
jpg image
(A) Structure of 1p3hN (B)The D2 code of 1p3hN (C) Alignment by DALI (D) Alignment blocks assigned by FATCAT
(A) Figure 5 of ref. [8].
(B) Residues are colored according to their D2 code:  '0' in blue, 'A' in red, 'B' and 'Q' in orange, 'G' in green, and 'R' in yellow.
(C) The 'master-slave' alignments by DALI with 1p3hN as master, where residues of the base loop are shown in red, the roof loop in blue, and the 79-83 turn in yellow.
(D) Alignment blocks are colored as follows: residues in block1 in red and residues in block2 in blue if multiple alignment blocks are assigned by FATCAT.



(2) Alignment by the D2 code

The 'master-slave' alignments by ComSubstruct with 1p3hN as master:

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890

1p3hN

1aonO
1aonP
1aonS
1pf9O
1pf9R
1svtO

1pcqO
1pcqP
1pcqQ
1pcqR
1pcqS
--00000  00R 000000R   0 0R    0  00QBR 0   0    00RQBR 0G00  0 000R0 00R0  0    0 0QBRB 00O00 RG00R00 0000 RGR0   00   000  RR 0000000QABG0000--
AKVNIKP  LED KILVQAN   E AE    T  TTASG L   V    IPDTAK EKPQ  E GTVVA VGPG  R    W DEDGE KRIPL DVAEGDT VIYS KYGG   TE   IKY  NG EEYLILSARDVLAVVSK

  MNIRP  LHDRVIVKRK    E VE    TKSA   G GIVLT    G S  AAA KSTRG EVL A VGNG  RI   L    ENGEV KPLDVKVGDI VIFN D  GYGVKS   EKI  DNEEVLIMS ESDILAIVEA
  MNIRP  LHDRVIVKRK    E VE    T  KSA G GIVLT    G S  AAA KSTRG EVL A VGNG  RI   L    ENGEV KPLDVKV GD IVIFND  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRP  LHDRVIVKRK    E VE    T  KSA G GIVLT    GSA  A A KS  TRGEV L AV GN G    RIL  ENGEV KPLDVKVGDI VIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRP  LHDRVIVKRK    E VE    T      KSAG  GIVLTGSA  A  AKSTRG EVL A VGNG  RI   L    ENGEV KPLDVKV GD IVIF    N   DGYGVKSEKIDN EEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRP  LHDRVIVKRK    E VE    T      KSAG  GIVLTGSA  A  AKSTRG EVL A VGNG  RI   L    ENGEV KPLDVKV GD IVIF    N   DGYGVKSEKIDN EEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRP  LHDRVIVKRK    E  VETKSA      G GIV L    TGS  A AAKSTRG EVL A VGNG  RILENG E     VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
MNIRPLHDRVI  VKRKEVETKSAGGIV   L  TG  SAA   A    KST     RGE  V LAV GNGRILENG    E       VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
MNIRPLHDRVI  VKRKEVETKSAGGIV   L  TG  SAA   A    KST     RGE  V LAV GNGRILENG    E       VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
MNIRPLHDRVI  VKRKEVETKSAGGIVL  T  G   SAA   A    KST     RGE  V LAV GNGRILENG    E       VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
MNIRPLHDRVI  VKRKEVETKSAGGIV   L  TG  SAA   A    KST     RGE  V LAV GNGRILENG    E       VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
MNIRPLHDRVI  VKRKEVETKSAGGIV   L  TG  SAA   A    KST     RGE  V LAV GNGRILENG    E       VK PL DVKV GDIVIFN D  GYGVKS   EKI  DN EEVLIMSESDILAIVEA
                                   <=       Base Loop        =>                           <= R =>                                 <=T=>



(3) Alignment by the HMM-SA code

The 'master-slave' alignments by SA-Search*) with 1p3hN as master:

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890

1p3hN

1aonO
1aonP
1aonS
1pf9O
1pf9R
1svtO

1pcqO
1pcqP
1pcqQ
1pcqR
1pcqS

   MNLJUSNLNMNGSKPRNMHaDSLMNHGBDOQKNLXKLGIMLHRJKLHaDEIMLLLPQTYUSLXMXKPOUSLLTTTUFSLXMMXKHBBQGILNT-----
   NIKPLEDKILVQAN EAETTT  A SGLVIPDTAKEKPQEGTVVAVGPGRWDEDGEKRIPLDVAEGDTVIYS KYGGTEIKYNGEEYLILSARDVLAV

   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EVETKS  AGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
  MNIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRKEVETK-S  AGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI
   NIRPLHDRVIVKRK EV  ETKSAGGIVLTG SAAAKSTRGEVLAVGN GRILENGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAI

                       <=   Base Loop    =>                 <=R =>                       <=T=>
*) http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/cgi-bin/SA-Search



(4) Rigid structural alignment by CE

The 'master-slave' alignments by CE*) with 1p3hN as master:

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1p3hN

1aonO
1aonP
1aonS
1pf9O
1pf9R
1svtO

1pcqO
1pcqP
1pcqQ
1pcqR
1pcqS

AKVNIKPLEDKILVQANEAETTT       ASGLVIPDTAKEKPQEGTVVAVGPGRWDEDGEKRIPLDVAEGDTVIYSKYG GTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK
 
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGI   VLTGSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKR-KEVETKSAGGIV LTGSAAAK     STRGEVLAVGNGRILE NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKR-KEVETKSAGGIV LTGSAAAK     STRGEVLAVGNGRILE NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT   GSAAAK
   STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSAGGIVLT
  GSAAAK    STRGEVLAVGNGRILEN GEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
                      <=     Base Loop      =>                 <=R =>                       <=T=>
*) http://cl.sdsc.edu/ce/ce_align.html



(5) Flexible structural alignment by MATT

The 'master-slave' alignments by MATT*) with 1p3hN as master:

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1p3hN
1aonO
1aonP
1aonS
1pf9O
1pf9R
1svtO

1pcqO
1pcqP
1pcqQ
1pcqR
1pcqS

AKVNIKPLEDKILVQANEAET            TTASGLVIPDTAKEK  P   QEGTVVAVGPGRWD EDGEKRIPLDVAEGDTVIYSKY G GTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK
  MNIRPLHDRVIVKRKEV ETKSAGGIVLTG SA     A          AKSTRGEVLAVGNGRIL E NGEVKPLDVKVGDIVIFNDG YGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV ETKSAGGIVLTG SA     A       AKS   TRGEVLAVGNGRIL E NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV ETKSAGGIVLTG SA     A       AKS   TRGEVLAVGNGRIL E NGEVKPLDVKVGDIVIFNDG YGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV ETKSAGGIVLTG SA     A          AKSTRGEVLAVGNGRIL E NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV ETKSAGGIVLTG SA     A          AKSTRGEVLAVGNGRIL E NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  MNIRPLHDRVIVKRKEV  ETKSAGGIVLTGSA     A          AKSTRGEVLAVGNGRILENGE  VKPLDVKVGDIVIFNDGYG VKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
                                  <=    Base Loop    =>                   <=R =>                        <=T=>
*) http://bcb.cs.tufts.edu/mattweb/



(6) Flexible structural alignment by FATCAT

Shown below is the 'master-slave' alignments by FATCAT*) with 1p3h-N as master, where the numbers below amino acid-sequence indicate the alignment block of the residue. Note that chains of 1pcq, 1pf9, and 1svt are decomposed into three alignment blocks 1, 2, and 3.

         1         2         3         4         5         6         7         8         9        10
1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1p3hN

1aonO

1aonP

1aonS

1pf9O

1pf9R

1svtO

1pcqO

1pcqP

1pcqQ

1pcqR

1pcqS

  VNIKPLEDKILVQANEA-ETTT----ASGLVIPDTAKEKPQEGTVVAVGPGRWDEDGEKRIPLDVAEGDTVIYSKYG-GTEIKYNGEEYLILSARDVLAVVSK

  MNIRPLHDRVIVKRKEV-ETKSAGGIVLTGSAAAK----STRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  11111111111111111-1111    111111111    1111111111111111 111111111111111111111 1111111111111111111111111
  MNIRPLHDRVIVKRKEV-ETKSAGGIVLTGSAAAK----STRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  11111111111111111-1111    111111111    1111111111111111 111111111111111111111 1111111111111111111111111
  MNIRPLHDRVIVKRKEV-ETKSAGGIVLTGSAAAK----STRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  11111111111111111-1111    111111111    1111111111111111 111111111111111111111 1111111111111111111111111

  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
  MNIRPLHDRVIVKRKEVETKSA----GGIVLTGSAAAKS-TRGEVLAVGNGRILE-NGEVKPLDVKVGDIVIFNDGYGVKSEKIDNEEVLIMSESDILAIVEA
  
11111111111111111 2222----2222222222222 333333333333333 33333333333333333333 33333333333333333333333333
                <=     Base Loop    =>                 <= R =>                      <=T=>
*) http://fatcat.burnham.org/fatcat-cgi/cgi/fatcat.pl?-func=pairwise





[The D2 codes]

[The HMM-SA code]

[The Stride code]