Occurrence of 5-tile codes in the 33 RNA aptamers in the PDB database

All nucleotides
code occur. (%)
0 604(71.0) 
1 23( 2.7) 
2 5( 0.6) 
3 31( 3.6) 
8 1( 0.1) 
9 0( 0.0) 
A 0( 0.0) 
B 8( 0.9) 
G 32( 3.8) 
H 3( 0.4) 
I 2( 0.2) 
J 14( 1.6) 
O 19( 2.2) 
P 4( 0.5) 
Q 9( 1.1) 
R 96(11.3) 
total 851       
Adenines
occur. (%)
152(71.0) 
5( 2.3) 
0( 0.0) 
9( 4.2) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
4( 1.9) 
2( 0.9) 
0( 0.0) 
6( 2.8) 
5( 2.3) 
0( 0.0) 
1( 0.5) 
30(14.0) 
214       
Guanines
occur. (%)
190(71.0) 
8( 3.0) 
2( 0.7) 
9( 3.4) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
2( 0.7) 
16( 6.0) 
0( 0.0) 
2( 0.7) 
5( 1.9) 
6( 2.2) 
1( 0.4) 
2( 0.7) 
24(9.0) 
267       
Cytosines
occur. (%)
159(75.0) 
7( 3.3) 
1( 0.5) 
4( 1.9) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
3( 1.4) 
8( 3.8) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
1( 0.5) 
5( 2.4) 
0( 0.0) 
3( 1.4) 
21( 9.9) 
212       
Uracils
occur. (%)
103(65.2) 
3( 1.9) 
2( 1.3) 
9( 5.7) 
1( 0.6) 
0( 0.0) 
0( 0.0) 
3( 1.9) 
4( 2.5) 
1( 0.6) 
0( 0.0) 
2( 1.3) 
3( 1.9) 
3( 1.9) 
3( 1.9) 
21(13.3) 
158       
ASTRAL SCOP
code occur. (%)
0  898516(41.2) 
1 18364( 0.8) 
2 970( 0.0) 
3 6223( 0.3) 
8 2033( 0.1) 
9 1034( 0.1) 
A 639440(29.3) 
B 125984( 5.8) 
G 114560( 5.3) 
H 6507( 0.3) 
I 792( 0.0) 
J 2369( 0.1) 
O 9209( 0.4) 
P 2027( 0.1) 
Q 139088( 6.4) 
R 212275( 9.7) 
total 2179391       

         * Occurrence of 5-tile codes in ASTRAL SCOP 1.71 (95%) is also shown for comparison.



[The 5-tile code]