• Backbone structures are obtained using ProteinViewer, where the N-terminal is colored red and the C-terminal blue.
• Click the images to view larger image.
• In the images of superimposition, the C-terminal of the first sequence is connected with the N-terminal of the second sequecne (because of the DaliLite output format).
• DSSP / D2 code / PB code: "*" indicates the position of the residues that assume different DSSP states / D2 codes / PB codes.
  
• dAngle-1: "*" indicates the position of the residues where the difference of the PHI angles or PSI angles between the two chains is more than or equal to 100°.  (dPHI=X or dPSI=X)
• dAngle-2: "*" indicates the position of the residues where the difference of the PHI angles and PSI angles between the two chains is more than or equal to 30°.  (dPHI>=3 and dPSI>=3)
• Angle-ALL: "+" indicates the union of "*" of dAngle-1 and "*" of  dAngle-2
• Core: "0" indicates the position of the residues where the difference of the PHI angles and PSI angles between the two chains is less than 10°.  (dPHI=0 and dPSI=0)
• FATCAT / FlexProt / RAPIDO / DynDom: "n" indicates the residues of the n-th rigid body. "*" indicates flexible regions. " " indicates not-aligned residues.
• Hinge-ALL: "+" indicates the position of the flexible or hinge regions identified by either FATCAT, FlexProt, RAPIDO, or DynDom. 

(1) Cluster 1

				Z-Score: 20.2 AR: 152 RMSD: 2.3A SI: 97%
1a1q A (len 183)	1jxp A (len 177)		DaliLite result

 *MaxSprout (http://www.ebi.ac.uk/Tools/maxsprout/index.html) is used to reconstruct 3D coordinates from the Ca trace of 1a1q.

	1         2         3         4         5         6         7         8         9        10  1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a1q 1jxp	PITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQVVSTATQSFLATCVNGVCWTVYHGAGSKTLAGPKGPITQMYTNVDQDLVGWQAPPGARSLTPCTCGSS  ITAYSQQTRGLLGCIITSLTGRDKNQVEGEVQVVSTATQSFLATCVNGVCWTVYHGAGSKTLAGPKGPITQMYTNVDQDLVGWQAPPGARSLTPCTCGSS
DSSP	********** **      *      ****      ***     ****  * *      *  *  *  **       **   *       *
D2 code	* ***************    **     **        *      *******    **     *    **     *           *
PB code	****************** *****   ****   *  ****       ***********           ***             ****
dAngle-1 dAngle-2	*********  ***     **               **         **  *                **               **          ******* *   *     * **               *             ** *           * * *               ***
Angle-ALL	++++++++++  +++   + ++               ++         ++ ++ +           + +++               +++
Core	0  0   0               0          0       0        0      0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   111111111111111*****2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                             1111111111111111111111111111***************111*****1111111111111111111111 (No dynamic domain)
Hinge-ALL	++++++++++++++++++++++++++++                           +++++++++++++++   +++++

	11        12        13        14        15        16        17        18        19        20 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a1q 1jxp	DLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPVSYLKGSSGGPLLCPSGHAVGIFRAAVCTRGVAKAVDFVPVESMETTMRSPVF DLYLVTRHADVIPVRRRGDSRGSLLSPRPVSYLKGSSGGPLLCPSGHAVGIFRAAVCTRGVAKAVDFVPVESMETTM
DSSP	*     *     ****        *****   **    *  **         **  *        *****  *
D2 code	*     *  *    ***      *  * *         *  *   *   *  *         ***
PB code	********   ****  *   *         ****  ****  *********   *****        * *
dAngle-1 dAngle-2	**                        ***                                   *                          **         * *                   **           * **
Angle-ALL	++              ++        ++++                   ++           + ++
Core	0          0                    0             0         0         0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111XX111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 (No dynamic domain)
Hinge-ALL	++++

(2) Cluster 2

				Z-Score: 38.6 AR: 326 RMSD: 6.7A SI: 100%
1a8e A (len 329)	1bp5 C (len 334)		DaliLite result

	1         2         3         4         5         6         7         8         9        10  1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a8e 1bp5	DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKK  KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKK
DSSP	**                      *      *                             *
D2 code	* *                                                            **          *  **   *
PB code	*   *****              *                          ****                  *     ***
dAngle-1 dAngle-2	*
Angle-ALL	+
Core	00000   0000000000000  0  0 0   000  00 0  000000000  0000  00000     000000           0   00  0000
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222222  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222    111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111********222222
Hinge-ALL	+++                                                                                 ++++++++++

	11        12        13        14        15        16        17        18        19        20 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a8e 1bp5	DSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVA DSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVA
DSSP	*                                   **  *               **
D2 code	*               *  *          *   *       *         *                *  *
PB code	****
dAngle-1 dAngle-2
Angle-ALL
Core	0 000 00  000 00000 00000 0000   00  0  0 000000      00000 0  00000 00000  0   00000 0 00 0000 0000
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
Hinge-ALL

	21        22        23        24        25        26        27        28        29        30 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a8e 1bp5	FVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFL FVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFL
DSSP	*      ***                    *     **
D2 code	**  **                                                                *  *
PB code	*               *              ****    *                     *
dAngle-1 dAngle-2	*                                              *
Angle-ALL	++
Core	0000 00 00000  000000000 000  0   000 0000     000    0   0000000 000000       0000000 00000  00 0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	2222222222222222222222222222222222222222222333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222*11111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222*****1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	+++++

	31        32        33        34        35        36        37        38        39        40 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1a8e 1bp5	KVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC KVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPEAPTD
DSSP	*
D2 code	***
PB code
dAngle-1 dAngle-2
Angle-ALL
Core	00 0 00 0 00     000
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	3333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333 11111111111111111111111**222 111111111111111111111*****
Hinge-ALL	+++++++

(3) Cluster 3

				Z-Score: 19.7 AR: 171 RMSD: 3.6A SI: 100%
1ake A (len 214)	4ake A (len 214)		DaliLite result

	1         2         3         4         5         6         7         8         9        10 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1ake 4ake	MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNGFLLDGFPRTIPQADAMKEAG MRIILLGAPGAGKGTQAQFIMEKYGIPQISTGDMLRAAVKSGSELGKQAKDIMDAGKLVTDELVIALVKERIAQEDCRNGFLLDGFPRTIPQADAMKEAG
DSSP	*   *****        *    *          *  ******     *                **    **
D2 code	*   **     **                    *** **                          * *
PB code	*** *                           ******                          *       *
dAngle-1 dAngle-2	*  **          *                          *    **
Angle-ALL	+                          +    ++ ++
Core	00            0000000    0  0000                 0 0  0   00 00  00    0   0  0    00 00 00000  0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	111111111111111111111111111111111111111111XXX11111111XXX 1111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111*********11111111111****333333333*****333333333333333333******111111  111111111111111111111   11111111111111111111111111**2222222222222222222222222222222222**1111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	+++      +++++++++          +++++         +++++      ++++       +++++++      ++

	11        12        13        14        15        16        17        18        19        20 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1ake 4ake	INVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPKVEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKYAKVDGTK INVDYVLEFDVPDELIVDRIVGRRVHAPSGRVYHVKFNPPKVEGKDDVTGEELTTRKDDQEETVRKRLVEYHQMTAPLIGYYSKEAEAGNTKYAKVDGTK
DSSP	***          *   **             **   ***    * **              ***
D2 code	*          **  ***     *             **     *         ***            ****                    *
PB code	****                      ****  **
dAngle-1 dAngle-2	*
Angle-ALL	+
Core	00    0     000      00     00         000        0 00   0 0  0000 00    0 00  000 00000   0 00
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	1111111111111111122222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333 2222223333333333333333333333333333333333333333333333333333333334444444444444444444444444444444444444 111111111111111122222222222222222222222222222222222222222222**22******1111****1111111111111111111111 111111111111111****3333333333333333333333333333333333333****************1111111111111111111111111111
Hinge-ALL	++        ++++                                     ++++++++++++++++  ++++

	21        22        23        24        25        26        27        28        29        30 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1ake 4ake	PVAEVRADLEKILG PVAEVRADLEKILG
DSSP
D2 code
PB code
dAngle-1 dAngle-2
Angle-ALL
Core	0  000 000
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	33333333333333 44444444444444 11111111111111 111111111111
Hinge-ALL

(4) Cluster 4

				Z-Score: 2.8 AR: 34 RMSD: 1.0A SI: 91%
1aoj A (len 60)	1i0c A (len 59)		DaliLite result

	1         2         3         4         5         6         7         8         9        10 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1aoj 1i0c	KKYAKSKYDFVARNSSELSVMKDDVLEILDDRRQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIMRTPE KKYAKSKYDFVARNSSELSVMKDDVLEILDDRRQWWKVRNASGDSGFVPNNILDIMRTP
DSSP	*      *   *           ******                  ****
D2 code	*  *            **   **        *       *
PB code	****                 ******* *  **** ***
dAngle-1 dAngle-2	**** *                 *            **  *          *
Angle-ALL	+           ++++ +          +
Core	000    0        00  0    0 000  00
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	11111111111111111111111111111111*22222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111122222222222222222222222222 11111111111111111111111111111**   2222222222222222222222222   11111111111111111111111111111*****222222222222222222222
Hinge-ALL	+++                          +++++++                    +++

(5) Cluster 5

				Z-Score: 59.6 AR: 609 RMSD: 3.9A SI: 99%
1bka (len 688)	1cb6 A (len 691)		DaliLite result

	1         2         3         4         5         6         7         8         9        10    1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	RSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRKVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGS GRRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRKVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGS
DSSP	**                                                 *                  *         ****            **
D2 code	*    *       ***   *        ****
PB code	*                         *                                     *          *******
dAngle-1 dAngle-2	**                *                                               *    *                                 *  *
Angle-ALL	+    +                                ++  +             +
Core	0       0                 0  00 0 0 00         0000  00 00  000  0  00  0  00       00 00000
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111222222222222    1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111112222222222222222222    11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111*****112222222222222      111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111***22222222222
Hinge-ALL	+++                                                                             +++++++++

	11        12        13        14        15        16        17        18        19        20 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	FQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGA FQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGA
DSSP	**** ***                   ****                * *     *     ****
D2 code	***  *       **    **         *           **
PB code	****   ****                        *****                            *      *  ***   * *
dAngle-1 dAngle-2	*                                       **
Angle-ALL	+++
Core	00  00  00     0  00 0000    0      000          0 0 0  00 0 0 0       0  0 0     0  0 0     00
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
Hinge-ALL

	21        22        23        24        25        26        27        28        29        30 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	GDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDS GDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDS
DSSP	*    **       *******           *** ***             *                         **  **        *
D2 code	**                             * *                              **   **     ***           **
PB code	*  **     ****                            *   *                 ***********         ***
dAngle-1 dAngle-2	**                  *                            *                                *
Angle-ALL	+                            +                                +                  ++
Core	000     000                    0    0  000     00     0  0 0  0 0 00   00           0   00   0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	2222222222222222222222222222222222222222222222223333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222233333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222222221111111111111111111111111111111***11111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222****1111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	++  +++++                            +++

	31        32        33        34        35        36        37        38        39        40 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	AIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAG AIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLRKSEEEVAARRARVVWCAVGEQELRKCNQWSGLSEGSVTCSSASTTEDCIALVLKGEADAMSLDGGYVYTAG
DSSP	*        ***                                * *                  *    *
D2 code	*                          ***                              *    *      *
PB code	*                 *         *                                * *                     *
dAngle-1 dAngle-2
Angle-ALL
Core	0 000 0     0   0     0  0  000    0 00  000      00  00000     000   000      00     00 00
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111****111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	++++

	41        42        43        44        45        46        47        48        49        50 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	KCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNL KCGLVPVLAENYKSQQSSDPDPNCVDRPVEGYLAVAVVRRSDTSLTWNSVKGKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLLFNQTGSCKFDEYFSQSCAPGSDPRSNL
DSSP	*         ***  * ** *****             **          * *                           ***** *   **
D2 code	****  *  *          *       *      *           *  **   *      *               *
PB code	******** *  **   ** *                                                *     ****      *
dAngle-1 dAngle-2	******               ****
Angle-ALL	++++++
Core	00     00                   0     0          0   0   0    0      000      0000  0  0000   00  0  0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	333333333333333**33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111**  *111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111****11111111***111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	+++++                                                               ++++        +++

	51        52        53        54        55        56        57        58        59        60 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	CALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRM CALCIGDEQGENKCVPNSNERYYGYTGAFRCLAENAGDVAFVKDVTVLQNTDGNNNEAWAKDLKLADFALLCLDGKRKPVTEARSCHLAMAPNHAVVSRM
DSSP	*      *          *                       *   ***              *
D2 code	*  *              *                                     * ****             *
PB code	****                ****               ***                 ****                  ****
dAngle-1 dAngle-2
Angle-ALL
Core	000000    0      00000 0000       0  0 000  0              0   00 0 000  0     0   00  0   000 0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1************111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	++++++++++++

	61        62        63        64        65        66        67        68        69        70 1234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890123456789012345678901234567890
1bka 1cb6	DKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK DKVERLKQVLLHQQAKFGRNGSDCPDKFCLFQSETKNLLFNDNTECLARLHGKTTYEKYLGPQYVAGITNLKKCSTSPLLEACEFLRK
DSSP	**                   **            *       **                           **
D2 code	**           *** *  **          ***                    *
PB code	***** * **         *        **** **  *       *          ****
dAngle-1 dAngle-2	*                                                                *
Angle-ALL	+                                                                +
Core	0 000  00 000        0   0 0      0    0 00      00          000 0   0      0 00  0
FATCAT FlexProt RAPIDO DynDom	3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
Hinge-ALL	+++

[The D² codes]

• 0 = DDDDD    (Extended strand, small blue spheres)
• 1 = DDDDU
• 2 = DDDUD
• 3 = DDDUU
• 8 = DUDDD
• 9 = DUDDU
• A = DUDUD    (Helix, large red spheres)
• B = DUDUU    (C-cap, large orange spheres)
• G = UDDDD    (Large green spheres)
• H = UDDDU
• I = UDDUD
• J = UDDUU
• O = UUDDD
• P = UUDDU
• Q = UUDUD    (N-cap, large orange spheres)
• R = UUDUU    (Turn, large yellow spheres)

[The DSSP code]

• H = alpha helix
• B = residue in isolated beta-bridge
• E = extended strand, participates in beta ladder
• G = 3-helix (3/10 helix)
• I = 5 helix (pi helix)
• T = hydrogen bonded turn
• S = bend
• L = no assigned structure