Frequency of occurrence of the DSSP states / D2 codes / PB fragments among nine superfolds

(1thbA, 256bA, 1aps, 1ubq, 2fox, 7timA, 1ilb, 2buk, and 2rhe)



Occurrence of TOP20 DSSP state fragments

frag. occur. (%)
H 470(34.5) 
E 326(24.0) 
_ 209(15.4) 
T 150(11.0) 
S 122( 9.0) 
G 67( 4.9) 
B 17( 1.2) 
total 1361       
frag. occur. (%)
HHH 390(29.1) 
EEE 216(16.1) 
_EE  32( 2.4) 
TT_ 29( 2.2) 
GGG 29( 2.2) 
EE_ 27( 2.0) 
___ 23( 1.7) 
_TT 23( 1.7) 
HHT 23( 1.7) 
S__ 21( 1.6) 
SSS 21( 1.6) 
_HH 19( 1.4) 
HTT 17( 1.3) 
E__ 17( 1.3) 
__T 16( 1.2) 
_SS 16( 1.2) 
TTT 15( 1.1) 
EES 15( 1.1) 
TS_ 15( 1.1) 
else 377(28.1) 
total 1341       
frag. occur. (%)
HHHHH 310(23.5) 
EEEEE 116( 8.8) 
_EEEE 28( 2.1) 
EEEE_ 24( 1.8) 
HHHHT 23( 1.7) 
_HHHH 19( 1.4) 
HHHTT 17( 1.3) 
EEE__ 16( 1.2) 
__EEE 14( 1.1) 
EEEES 12( 0.9) 
HHTT_ 11( 0.8) 
__HHH 10( 0.8) 
HHHH_ 9( 0.7) 
TTEEE 8( 0.6) 
THHHH 8( 0.6) 
TEEEE 8( 0.6) 
EEETT 8( 0.6) 
EEESS 8( 0.6) 
EEEET 8( 0.6) 
else 664(50.3) 
total 1321       
frag. occur. (%)
HHHHHHH 238(18.3) 
EEEEEEE 54( 4.2) 
HHHHHHT 19( 1.5) 
HHHHHTT 16( 1.2) 
_HHHHHH 15( 1.2) 
EEEEE__ 14( 1.1) 
_EEEEEE 13( 1.0) 
EEEEEE_ 12( 0.9) 
HHHHTT__ 11( 0.8) 
HHHHHH_ 9( 0.7) 
__HHHHH 8( 0.6) 
THHHHHH 8( 0.6) 
EEEEETT 8( 0.6) 
TTEEEEE 7( 0.5) 
___HHHH 6( 0.5) 
__EEEEE 6( 0.5) 
_EEEEE_ 6( 0.5) 
S_EEEEE 6( 0.5) 
SEEEEEE 6( 0.5) 
EEEEEET 6( 0.5) 
EEEEEES 6( 0.5) 
else 827(63.6) 
total 1301       
frag. occur. (%)
HHHHHHHHH 179(14.0) 
EEEEEEEEE 23( 1.8) 
HHHHHHHHT 17( 1.3) 
HHHHHHHTT 13( 1.0) 
_HHHHHHHH 12( 0.9) 
_EEEEEEEE 9( 0.7) 
HHHHHHTT_ 9( 0.7) 
THHHHHHHH 7( 0.5) 
__HHHHHHH 6( 0.5) 
HHHHHHHH_ 6( 0.5) 
HHHHHTT__ 5( 0.4) 
EEEEE__TT 5( 0.4) 
EEEEEEETT 5( 0.4) 
EEEEEEEE_ 5( 0.4) 
___HHHHHH 4( 0.3) 
_EEEEEE__ 4( 0.3) 
TT_EEEEEE 4( 0.3) 
S_EEEEEEE 4( 0.3) 
SHHHHHHHH 4( 0.3) 
EEEEEEE__ 4( 0.3) 
EEEEEEEET 4( 0.3) 
else 952(74.3) 
total 1281       

Occurrence of TOP20 D2 code fragments

frag. occur. (%)
O 546(40.1) 
A 444(32.6) 
R 105( 7.7) 
Q 93( 6.8) 
B 81( 6.0) 
G 68( 5.0) 
O 6( 0.4) 
H 5( 0.4) 
3 4( 0.3) 
1 4( 0.3) 
9 2( 0.1) 
8 2( 0.1) 
I 1( 0.1) 
total 1361       
frag. occur. (%)
AAA 333(24.8) 
000 312(23.3) 
00R  48( 3.6) 
QAA 44( 3.3) 
R00 40( 3.0) 
0QA 40( 3.0) 
00Q 39( 2.9) 
AAB 33( 2.5) 
0R0 32( 2.4) 
G00 31( 2.3) 
0QB 17( 1.3) 
RG0 16( 1.2) 
BG0 16( 1.2) 
AB0 16( 1.2) 
0RG 16( 1.2) 
B00 15( 1.1) 
QAB 13( 1.0) 
ABG 13( 1.0) 
B0Q 12( 0.9) 
else 255(19.0) 
total 1341       
frag. occur. (%)
AAAAA 254(19.2) 
00000 185(14.0) 
QAAAA 35( 2.6) 
0000R 29( 2.2) 
AAAAB 26( 2.0) 
0QAAA 25( 1.9) 
R0000 22( 1.7) 
000R0 22( 1.7) 
G0000 21( 1.6) 
0000Q 21( 1.6) 
00R00 20( 1.5) 
0R000 18( 1.4) 
RG000 13( 1.0) 
00QAA 13( 1.0) 
000QA 13( 1.0) 
BG000 10( 0.8) 
000RG 10( 0.8) 
000QB 10( 0.8) 
else 574(43.5) 
total 1321       
frag. occur. (%)
AAAAAAA 192(14.8) 
0000000 92( 7.1) 
QAAAAAA 27( 2.1) 
000000R 21( 1.6) 
AAAAAAB 20( 1.5) 
R000000 18( 1.4) 
0QAAAAA 18( 1.4) 
G000000 17( 1.3) 
000000Q 16( 1.2) 
0R00000 14( 1.1) 
00000R0 13( 1.0) 
00R0000 12( 0.9) 
000R000 12( 0.9) 
00QAAAA 11( 0.8) 
RG00000 10( 0.8) 
0000R00 10( 0.8) 
00000QA 9( 0.7) 
AAAAAB0 8( 0.6) 
00000RG 7( 0.5) 
00000QB 7( 0.5) 
else 767(59.0) 
total 1301       
frag. occur. (%)
AAAAAAAAA 143(11.2) 
000000000 39( 3.0) 
QAAAAAAAA 23( 1.8) 
AAAAAAAAB 16( 1.2) 
0QAAAAAAA 15( 1.2) 
R00000000 13( 1.0) 
00R000000 11( 0.9) 
00000000Q 11( 0.9) 
0R0000000 10( 0.8) 
000R00000 9( 0.7) 
0000000R0 7( 0.5) 
00000000R 7( 0.5) 
AAAAAAAB0 6( 0.5) 
00QAAAAAA 6( 0.5) 
0000R0000 6( 0.5) 
RG0000000 5( 0.4) 
G00000000 5( 0.4) 
0RG000000 5( 0.4) 
00RG00000 5( 0.4) 
000000RG0 5( 0.4) 
000000R00 5( 0.4) 
0000000QB 5( 0.4) 
else 924(72.3) 
total 1281       

Occurrence of TOP20 PB fragments

frag. occur. (%)
M 478(35.1) 
D 225(16.5) 
C 111( 8.2) 
F 78( 5.7) 
L 73( 5.4) 
K 71( 5.2) 
A 59( 4.3) 
P 49( 3.6) 
H 41( 3.0) 
E 35( 2.6) 
B 35( 2.6) 
I 31( 2.3) 
O 27( 2.0) 
N 22( 1.6) 
G 17( 1.2) 
J 9( 0.7) 
total 1361       
frag. occur. (%)
MMM 374(27.9) 
DDD 106( 7.9) 
FKL  47( 3.5) 
LMM 42( 3.1) 
CDD 41( 3.1) 
KLM 36( 2.7) 
HIA 29( 2.2) 
DFK 26( 1.9) 
DDF 25( 1.9) 
EHI 22( 1.6) 
ACD 22( 1.6) 
DDE 20( 1.5) 
CCD 20( 1.5) 
DEH 18( 1.3) 
OPA 16( 1.2) 
NOP 16( 1.2) 
MMN 16( 1.2) 
IAC 16( 1.2) 
MNO 14( 1.0) 
CFK 14( 1.0) 
else 421(31.4) 
total 1341       
frag. occur. (%)
MMMMM 298(22.6) 
DDDDD 44( 3.3) 
LMMMM 30( 2.3) 
KLMMM 28( 2.1) 
FKLMM 26( 2.0) 
CDDDD 24( 1.8) 
DDFKL 16( 1.2) 
DDDDF 16( 1.2) 
DDDFK 14( 1.1) 
MMNOP 13( 1.0) 
HIACD 13( 1.0) 
MMMNO 12( 0.9) 
MMMMN 12( 0.9) 
DEHIA 12( 0.9) 
ACDDD 12( 0.9) 
EHIAC 11( 0.8) 
DDEHI 11( 0.8) 
DDDEH 11( 0.8) 
CCDDD 11( 0.8) 
else 707(53.5) 
total 1321       
frag. occur. (%)
MMMMMMM 231(14.8) 
LMMMMMM 29( 7.1) 
KLMMMMM 24( 2.1) 
FKLMMMM 19( 1.6) 
DDDDDDD 13( 1.5) 
MMMMMMN 12( 1.4) 
MMMMOPA 10( 1.4) 
MMMMNOP 10( 1.3) 
MMMMMNO 10( 1.2) 
DDDDFKL 10( 1.1) 
CDDDDDD 10( 1.0) 
HIACDDD 8( 0.9) 
DDDDDFK 8( 0.9) 
MMMMMMP 7( 0.8) 
DDDEHIA 7( 0.8) 
CCDDDDD 7( 0.8) 
MMMMMPC 6( 0.7) 
EHIACDD 6( 0.6) 
DDDDDDF 6( 0.5) 
DCDDDDD 6( 0.5) 
else 862(66.3) 
total 1301       
frag. occur. (%)
MMMMMMMMM 175(13.7) 
LMMMMMMMM 23( 1.8) 
KLMMMMMMM 21( 1.6) 
FKLMMMMMM 18( 1.4) 
MMMMMMNOP 10( 0.8) 
MMMMMMMMN 10( 0.8) 
MMMMMMOPA 8( 0.6) 
MMMMMMMNO 8( 0.6) 
MMMMMMMPC 6( 0.5) 
MMMMMMMMP 6( 0.5) 
MMMMMMMML 5( 0.4) 
MMMMMMMLM 5( 0.4) 
MMNOPAFKL 4( 0.3) 
MMMNOPAFK 4( 0.3) 
MMMMMMPCC 4( 0.3) 
MMMMMMLMM 4( 0.3) 
MMLMMMMMM 4( 0.3) 
HIACDDDDD 4( 0.3) 
EHIACDDDD 4( 0.3) 
DFKLMMMMM 4( 0.3) 
DDDEHIACD 4( 0.3) 
DDDDEHIAC 4( 0.3) 
DDDDDEHIA 4( 0.3) 
DDDDDDFKL 4( 0.3) 
DDDDDDDFK 4( 0.3) 
AFKLMMMMM 4( 0.3) 
else 930(72.6) 
total 1281       


[The DSSP states]

[The PB fragments]

[The D2 codes]